UME
- ist ein browserbasiertes Open-Access-Tool, das eine vollständige hochauflösende massenspektrometrische Daten-Pipeline bereitstellt.
- bietet einen Summenformel-Algorithmus, ermöglicht die interaktive Exploration von Daten, errechnet zahlreiche State-of-the-Art Auswertungsparameter und ermöglicht den Export von Daten und Abbildungen.
- umfasst eine Online-Schnittstelle zur chemischen Datenbank PubChem, um die Erforschung möglicher molekularer Strukturen zu erleichtern.
- benötigt lediglich eine kalibrierte Massenliste mit den zugehörigen Intensitäten. Diese kann mit Hilfe der Fourier-Transformations-Ion-Zyklotron-, Obitrap- oder Time-of-Flight-Massenspektrometrie aufgenommen worden sein.
Reference:
Leefmann T., Frickenhaus S., Koch B.P (2019). UltraMassExplorer - a browser-based application for the evaluation of high-resolution mass spectrometric data. Rapid Communications in Mass Spectrometry, 33, 193–202.
09.08.2022
Die Startseite der UME-App wurde geändert: https://ume.awi.de
26.08.2019
Neues Release von UltraMassExplorer (Version 1.1.0):
- Performance verbessert (Faktor 2 im Vergleich zu Version 1.0.0)
- Automatische Berücksichtigung aller Isotope der Formel-library
- Layout der Tabs verändert und erweitert
- Neue Datenplots
- 34S und 15N isotope Validierung hinzugefügt
Weitere Informationen finden Sie hier.
11.08.2019
Wiki Seiten mit nützlichen Infos finden sich jetzt hier: https://gitlab.com/BorisKoch/ultramassexplorer/wikis
29.10.2018
Der UME code steht hier zum Download zur Verfügung:
https://gitlab.com/BorisKoch/ultramassexplorer/tree/1.0.0
12.10.2018
Die erste Version von UME ist online und bis zu fünf Ports können frei genutzt werden!
Daten werden nicht gespeichert und nach Beendigung der Session automatisch gelöscht.
Bitte bedenken: das Ziel einer UME-Datenverarbeitung ist nicht, einen Datensatz mit eindeutig eindeutigen Formel-Zuweisungen zu erstellen, sondern durch die Interaktivität eine bessere Einschätzung der Daten zu erreichen. Jede Auswahl von Formel-Library und Anwendung von Datenfiltern muss gerechtfertigt sein.
UltraMassExplorer ist eine freie Software, die unter den Bedingungen der allgemeinen öffentlichen GNU Affero Lizenz, Version 3, wie von der Free Software Foundation veröffentlicht, weitergeben und / oder modifizieren werden kann.
UltraMassExplorer wird in der Hoffnung angeboten, die Effizienz und Transparenz der Datenauswertung im Bereich hochauflösender Massenspektrometrie an komplexen Proben zu verbessern. Jegliche Garantie und Gewährleistung sind ausgeschlossen. Weitere Informationen finden Sie in der GNU Affero General Public License.
In UltraMassExplorer werden keinerlei Daten dauerhaft gespeichert. Dies gilt für hochgeladene Peaklisten und für jegliche Ergebnisse der Auswertung. Nach jeder Auswertung werden sämtliche Daten der Sitzung gelöscht.
Um Transparenz und Reproduzierbarkeit der Auswertung zu verbessern, empfehlen wir Benutzern von UltraMassExplorer, in Veröffentlichungen die Peakliste und die UME-Report-Datei zur Verfügung zu stellen. Beide können nach der abschließenden Datenauswertung in UME exportiert werden.
UME Wiki
- verfügbar hier: https://gitlab.com/BorisKoch/ultramassexplorer/wikis
Beispiel Peakliste
- Peakliste (csv-Datei) mit 13 FT-ICR-MS Analysen (4 Gebiete; je 3 Proben; 1 Blank): download
R Skripte
- Formel-Library erstellen (zip-file)
- UME R code: https://gitlab.com/BorisKoch/ultramassexplorer/tree/1.0.0
Video tutorial
Prof. Dr. Boris Koch
Dr. Tim Leefmann