Einweisung: Um an den Mesokosmen arbeiten zu können, ist es zwingend erforderlich, dass sich alle Personen (PI's, leitende Wissenschaftler, Postdocs sowie studentische Hilfskräfte) vor den Experimenten mit der Funktionsweise der Anlage vertraut machen (siehe Betriebsanleitung). Die Mesokosmen können erst nach einer Einweisung benutzt werden.
Arbeitssicherheit: Bei der Arbeit in der Mesokosmenanlage und im gesamten Gebäude sind angemessene Kleidung und festes Schuhwerk zu tragen. Außerdem ist das Essen und Trinken in den Labors nicht gestattet. Die Arbeitsplätze im Gastforschungslabor und alle Gemeinschaftseinrichtungen (Spülküche, TK-Räume) sind in einem aufgeräumten Zustand zu halten.
Tierschutz: Das Wohlergehen der Tiere muss während der gesamten Mesokosmos-Kampagne gewährleistet sein. Für Zehnfußkrebse und Fische muss vor Beginn der Mesokosmos-Kampagne eine Genehmigung für Tierversuche beim zuständigen Ministerium eingeholt werden.
Beaufsichtigung der Mesokosmen: Die ständige Überwachung der Mesokosmen und das kontinuierliche Monitoring wichtiger Begleitparameter wird von dem verantwortlichen/mitarbeitenden AWI-Wissenschaftler koordiniert. Der leitende Wissenschaftler der teilnehmenden Gastforschungsgruppe oder sein offiziell benannter Stellvertreter muss während der Messaktivitäten seiner Gruppe ständig vor Ort sein.