Zusätzlich zur Helgoland Reede werden auch 3 Transekte regelmäßig (ein Mal pro Monat) beprobt. Diese Langzeitreihe wird als Helgoland Schnittfahrten bezeichnet und auch schon seit über 30 Jahren betrieben. Wie an der Helgoland Reede werden auch hier Temperatur, Salzgehalt und inorganische Nährstoffe gemessen. Auch die Phytoplanktondiversität wird seit einigen Jahren erhoben.